Mapy fizyczne i sekwencja DNA genomu.pdf

Mapa fizyczna i sekwencja DNA genomu

1. Mapowanie restrykcyjne.

2. Sondy do rozpoznawania DNA

3. FISH

4. STS

5. Odczytanie sekwencji DNA

6. Interpretacja sekwencji DNA genomu

7. Transkryptom

8. Proteom

Celem mapowania fizycznego jest uzyskanie informacji, najlepiej z dokładnością co

do jednej zasady, gdzie w genomie umiejscowiony jest interesujący nas element

(gen, promotor, mutacja punktowa, profag, etc.)

PoniŜej jest przykład mapy chromosomu droŜdŜy, pokazujący cały chromosom z

centromerem (czarne koło) i powiększony wycinek (koordynaty: 106167-126970) z

zawartymi w nim genami. Tak dokładne mapy powstają po dokładnym poznaniu

sekwencji DNA. Wstępne mapowanie bywa często tylko przybliŜone.

1. Mapy restrykcyjne

Mapowanie restrykcyjne moŜe polegać na

strawieniu odcinka DNA dwoma enzymami

osobno i razem. Po rozdzieleniu

elektroforetycznym, z otrzymanych

fragmentów układamy mapę odcinka.

W rzeczywistości jest to zmapowanie tylko

miejsc restrykcyjnych z dokładnością do

kilkudziesięciu par zasad (bo taka jest

dokładność elektroforezy). Układ takich

miejsc jest zazwyczaj unikatowy, dlatego

profil restrykcji jest znakiem rozpoznawczym

danego odcinka genomu.

1. Mapy restrykcyjne

Mapowanie restrykcyjne daje najlepsze

wyniki dla stosunkowo krótkich odcinków

DNA, poniŜej 50 kB, bo większe odcinki się

zlewają

Gdy pozwolimy na pulsowanie pola

elektrycznego, nawet tak długie odcinki jak

2Mb mogą być rozdzielone. MoŜna w ten

sposób rozdzielić wszystkie 16

chromosomów droŜdŜy (nie pocięte) lub

odnaleźć YAC.

2. Sondy do rozpoznawania DNA

MoŜemy mieć informację o interesującym nas genie, sklonowaliśmy go lub poznaliśmy

choćby częściowo jego sekwencję, a nie znamy jego miejsca na chromosomie.

Posiadana informacja moŜe posłuŜyć do skonstruwanaia sondy (ang. probe).

Sondy DNA - s ą to wyznakowane (fluoroscencyjnie lub izotopowo) fragmenty DNA,

które rozpoznaj ą i wi ąŜą się z tylko ś ci ś le specyficznymi odcinkami badanego DNA.

Istota wiązania jest odnalezienie jednoniciowego DNA o sekwencji komplementarnej

do sondy.

Sondy takie mog ą by ć :

- otrzymane na bazie badanego mRNA, czyli s ą wyznakowanym cDNA

- wyznakowanymi fragmenty homologicznych genów znanych z innych organizmów

- sztucznie zsyntetyzowane na podstawie sekwencji aminokwasów badanego

bia ł ka: -aa – aa – aa – aa – Tyr – Met – His – aa – aa – aa –

kodony

TAC ATG CAC

lub inne

TAT CAT

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika: